在不久的未来，世界已经被智脑公司所统治。 世界上的大多数人类都被智脑公司变成了怪人“俄尔以诺”，残存下来的人类仅有2433人，他们组成反抗军，以女主角园田真理为中心，躲在角落里苟延残喘。 而假面骑士555是人类的救世主，其变身者乾巧，在智脑公司发动的总攻下被打败，目前生死不明。 智脑公司为了对付余下的假面骑士凯撒，开发出了最强的假面骑士腰带“帝王腰带”。面对利用帝王腰带变身的强大邪恶假面骑士，反抗军无力对抗。难道人类真的就要就此灭绝了吗？ 心灰意冷的园田真理在空无一人的舞会上独自落泪，就在这时她的背后出现了一个一身白衣的男子，真理从他身上隐约看到了乾巧的影子。没错，他就是丧失了记忆的乾巧。 巧和真理的命运在这孤独的世界中会走向何方？人类的救世主传说就此展开！
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