25年前，蹂躏世界的巨大生物毫无征兆地现身，人们将这些超越常识的怪物称为“龙”并对其感到恐惧。终于，在人类中也诞生了与龙持有同样力量的人们。人们将这一存在称之为“D”。世界上唯一一名男性的“D”——物部悠被送往密得加尔。那里是“D”少女们被隔离的岛屿。与“D”少女伊莉丝的邂逅、及与妹妹深月重逢的悠，在那里开始与少女们一同度过学园生活。“我是物部悠。在下不才，还请多多指教。”